Alphonse Chodron de Courcel est le fils de Jules Chodron (1804-1870), secrétaire de légation, propriétaire des château d'Athis, de Port-Courcel et de Mont-Courcel, et d'Henriette Boulay de la Meurthe (1809-1884), fille d'Antoine Jacques Claude Joseph Boulay de la Meurthe.